Em 1889, com a Proclamação da República no Brasil, grandes mudanças ocorreram. A divisão do país em províncias foi substituída pela divisão em estados, em que cada estado teria a sua própria constituição, passando a ser administrado por governadores. Veja como ficou essa divisão no mapa a seguir.
Em São Paulo, formou-se, de 16/11/1889 a 14/12/1889, um governo provisório formado por Prudente José de Moraes Barros, Francisco Rangel Pestana e Joaquim de Souza Mursa. Prudente de Moraes tornou-se governador de São Paulo de 14/12/1889 a 18/10/1890.
Quase na metade do século XX, aconteceram algumas mudanças muito significativas na configuração dos estados brasileiros. Em 1943, o Brasil entrou na Segunda Guerra Mundial, conflito que durou de 1939 a 1945 e envolveu praticamente todos os países do mundo.
O governo federal brasileiro decidiu, nesse período, desmembrar sete territórios para administrá-los diretamente. Esses territórios eram considerados estratégicos, pois se encontravam em pontos importantes nas fronteiras do país. Eram eles: Acre, Amapá, Rio Branco, Guaporé, Ponta Porã, Iguaçu e o arquipélago de Fernando de Noronha.
Mapa dos estados em 1889
Terminada a Segunda Guerra Mundial, em 1945, cinco foram mantidos como territórios ligados diretamente ao governo federal: Acre, Amapá, Fernando de Noronha, Rio Branco (renomeado como Roraima) e Guaporé (batizado de Rondônia em homenagem ao Marechal Rondon, personagem que teve grande atuação no contato com os indígenas da região).
Ponta Porã e Iguaçu voltaram a fazer parte dos estados do Mato Grosso, Paraná e Santa Catarina. O território de Fernando de Noronha somente foi incorporado ao estado de Pernambuco em 1988.
Brasil – Divisão político-administrativa em 1943